Từ đảo Giáng Sinh và quần đảo Cocos (Keeling) (đều là những vùng lãnh thổ của Úc), P. margaritifer được phân bố trải dài về phía đông đến quần đảo Line và Tuamotu, băng qua phần lớn vùng biển các nước Đông Nam Á và nhiều đảo quốc thuộc châu Đại Dương, ngược lên phía bắc đến đảo Jeju (Hàn Quốc)[3] và vùng biển phía nam Nhật Bản, giới hạn phía nam đến vùng biển phía bắc Úc (gồm cả rạn san hô Great Barrier).[4][5]

Ở Việt Nam, P. margaritifer được ghi nhận tại cù lao Chàm (Quảng Nam);[6] đảo Lý Sơn (Quảng Ngãi);[7][8] bờ biển Phú Yên[9] và Ninh Thuận;[10] đảo đá ngoài khơi Bình Thuận;[11] vịnh Nha Trang (Khánh Hòa); quần đảo An Thới (Kiên Giang);[12] quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.[13][14]

P. margaritifer sống trên các rạn san hô hoặc ám tiêu ở độ sâu khoảng 2–20 m, ít được nhìn thấy hơn trong các đầm phá.[4]